صبح روز سه شنبه، 11 فروردین 1388، آقای بروجردی در درمانگاه زندان مرکزی یزد با اهانتهای شدید و برخوردهای غیر انسانی مسئولین مربوطه از جمله آقای دکتر ولی زارع ، مواجه شدند و این در حالی است که برخوردهای اهانت آمیز و سرزنش اعتقادی و آزار بیماران ، برخلاف تعهدات صنفی و وجدانی پزشکان می باشد.
با وجود اینکه در ایران پزشکان متعهد و بشر دوست مانند آقای دکتر حسام فیروزی تحت بازداشت قرار دارند و پزشکان بدون مرز نیز مجاز به عیادت از زندانیان عقیدتی و سیاسی نیستند ، لذا پزشکان مزدور رژیم فرصت یافته و شدت فشارهای غیرانسانی حکومتی را برعلیه بیماران بی پناه و اسیران استبداد افزایش داده اند.
لازم به توضیح است که آقای قاسم علیزاده، ریاست زندان مرکزی یزد، هر گونه مسئولیتی را از خود سلب نموده و مدعی است که به دستور وزیر اطلاعات رژیم آقای محسنی اژه ای، ماموریت یافته است تا آقای بروجردی را تحت انواع فشارهای روحی و جسمی قرار داده و مانع از درمان وی و ارسال دارو به ایشان شود تا این پیشوای مخالف دین سیاسی را مجبور به مصالحه و سازش با حکومت کند.
بنابر اخبار منتشر شده از داخل زندان مرکزی یزد، آقای بروجردی هر گونه سازش با حکومت را رد نموده و خواهان برگزاری رفراندومی آزاد با حضور ناظران بین المللی می باشد . وی همچنین تنها با حضور وکلای آزاده و خبرنگاران غیر دولتی ، حاضر به مذاکره با مسئولین بلند پایه ایران پیرامون مطالبات خود می باشد .